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通过高性能计算增强研究能力:QIMR 案例研究

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关于客户
昆士兰医学研究所 (QIMR) 于 1945 年由昆士兰州政府建立,是澳大利亚最大、最成功的医学研究机构之一。它因其研究质量而得到全世界的认可。 QIMR 拥有 700 多名科学家、学生和支持人员,拥有 50 多个独立实验室,支持六个研究部门:生物学、细胞和分子生物学、遗传学和计算生物学、免疫学、人口健康和联合项目。其研究人员研究了一系列疾病的遗传和环境影响,包括癌症、哮喘、艾滋病毒、疟疾、子宫内膜异位症和登革热。
挑战
昆士兰医学研究所 (QIMR) 是澳大利亚最大、最成功的医学研究机构之一,在向数百名科学家、学生和支持人员提供共享高性能计算 (HPC) 资源方面面临着重大挑战。该研究所拥有 50 多个独立实验室,支持六个研究部门,需要先进的设施来支持科学家的尖端项目并吸引最优秀的研究人员。为了满足这一需求,建立了一个 HPC 集群,作为服务在 QIMR 的科学实验室之间共享。然而,管理作业调度和优化此共享资源的吞吐量是一项复杂的任务,需要可靠的工作负载管理系统。
解决方案
2010年底,QIMR采购了许多戴尔多核服务器和存储,以促进共享HPC集群的发展。该集群由 Dell PowerEdge R815 服务器和 Dell PowerEdge R710 服务器的组合组成。在评估了工作负载管理系统的多个商业和开源选项后,QIMR 选择了 Altair 的 PBS Works。 PBS Works 是一套用于管理 HPC 工作负载的作业调度、按需计算和分析产品。其旗舰产品 PBS Professional 是 HPC 工作负载管理和作业调度领域评价最高的可用产品之一。 2011 年,该团队安装了 PBS Professional 并开始吸引用户使用。 2012 年,他们将 HPC 集群迁移到一个新的专用数据中心,该数据中心提供了更大的扩展潜力、增强的操作环境和更具弹性的电源管理。
运营影响
  • The implementation of PBS Professional has resulted in significant operational benefits for QIMR. The system has proven to be an easy-to-use yet powerful tool for submitting HPC jobs. Even groups of statisticians who had never used a product like PBS Professional were able to get up to speed very quickly. The Genetics and Computational Biology group, which operates its own Condor cluster, has also started using the central PBS Professional system for processing. System administrators at QIMR appreciate PBS Professional's ease of management from a corporate perspective, and the flexibility and control it offers in managing job scheduling, tasks, and resources. The institute now plans to expand the scale of the cluster as more researchers learn of the availability and benefits of this shared resource.
数量效益
  • Support for breakthrough projects
  • Reduced management overhead
  • Higher quality research outcomes

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