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加速:生命科学 - 堪萨斯城儿童仁慈医院利用高性能 DDN 存储实现快速基因组测序,将危重儿童实现重大医学突破的时间缩短了近 2 倍

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公司规模
1,000+
地区
  • America
国家
  • United States
产品
  • DDN GS7K®
技术栈
  • High-Performance Computing
  • Genomic Sequencing
  • Data Storage
实施规模
  • Enterprise-wide Deployment
影响指标
  • Innovation Output
  • Productivity Improvements
技术
  • 基础设施即服务 (IaaS) - 云存储服务
适用行业
  • 医疗保健和医院
适用功能
  • 产品研发
用例
  • Condition Monitoring
  • 预测性维护
服务
  • 数据科学服务
关于客户
堪萨斯城儿童仁慈医院是一家领先的儿童医院,拥有世界上第一家儿科全基因组测序中心。在该医院的儿科基因组医学中心,医生与临床实验室科学家、分子遗传学家、生物信息学家和软件工程师合作对罕见遗传疾病进行测序和分析。2012 年,《时代》杂志将该中心的快速基因组图谱测试 STAT-Seq 评为年度顶级医学突破,因为它可以在两天内从头到尾解码基因组,而这个过程通常需要六周或更长时间。该中心致力于开发下一代医疗治疗的临床测试,以改善儿童仁慈医院和世界各地患者的治疗效果。
挑战
堪萨斯城儿童仁慈医院是一家领先的儿童医院,它运营着世界上第一个儿科全基因组测序中心。该医院的儿科基因组医学中心与各种专业人员合作,对罕见遗传疾病进行测序和分析。然而,基因测序是非常计算密集型和数据密集型的,这给中心的 IT 团队带来了越来越大的压力,需要提供充足的处理能力和高性能的数据存储,以支持基于全基因组测序和全外显子组测序的测试。该中心之前部署了 EMC Isilon 存储,最初满足了他们处理临床和研究工作流程的存储需求。然而,随着时间的推移,儿童仁慈医院传统的横向扩展 NAS 存储缺乏性能和容量的可扩展性,无法满足苛刻的数据创建和访问需求。
解决方案
儿童仁慈医院部署了具有 1PB 横向扩展存储的 DDN GS7K®,以满足性能、并行 I/O 和容量要求。DDN 的 GRIDScaler® 平台将业界领先的性能和密度存储与基于 IBM® Spectrum Scale™ 的并行文件系统相结合,非常适合支持该中心的全方位临床和研究工作流程。DDN 无缝地提供了高性能和协作环境的完整端到端数据管理。DDN 的 GS7K 还为儿童仁慈医院提供了理想的外形尺寸,在其小型数据中心空间内提供高密度存储,并能够以简单的方式扩展容量。该中心还在探索扩展其 DDN 存储的机会,以巩固其在儿科转化研究领域的领导地位。
运营影响
  • The time to perform its STATSeq rapid genome test has reduced by about 43% from 2.5 to 1.75 hours.
  • Ingest from the Center’s Illumina sequencers has increased significantly.
  • The DDN GS7K scales easily and seamlessly to support the processing needs of the Center’s software tools.
  • DDN provides sufficient performance to run the Edico processor directly from shared storage, eliminating the complexity and time involved with the data transfer, and ultimately eliminating the need for expensive local SSDs.
  • The DDN solution provides benefits across other areas, as well. For example, traditionally Edico processing requires the transfer of data to local solid state drives (SSDs) on the DRAGEN server.
数量效益
  • Time to perform its STATSeq rapid genome test has reduced by about 43% from 2.5 to 1.75 hours.
  • Ingest from the Center’s Illumina sequencers has increased significantly.

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